Palpatine ha derrocado a la República y, ahora, erigido ya en emperador, gobierna la galaxia con puño de acero. Darth Vader, el aprendiz de Palpatine, es el segundo del Emperador y vive única y exclusivamente para servir al imperio de su señor, para lo que persigue a los jedi supervivientes con ayuda del Inquisitorius, un escuadrón de adeptos al Lado Oscuro.
No obstante, los acólitos del lord de los sith han hecho muy buen trabajo y no queda ningún jedi que cazar. Como recompensa por sus servicios, Palpatine ha conseguido la antigua nave real de Padmé Amidala, la esposa fallecida del ser humano que Vader fue en su día.
Ahora, Darth Vader tiene la venia de Palpatine para ir adonde quiera a estudiar los poderes del Lado Oscuro, pero el primero solo tiene un objetivo en mente, el planeta Mustafar
